L'Università di Firenze precisa che il ricorso presentato contro il progetto di ampliamento della pista di Peretola è motivato esclusivamente dalla tutela delle sue funzioni istituzionali, dalla sicurezza delle persone e dalla piena accessibilità del Polo di Sesto Fiorentino. Secondo l'Ateneo, l'azione non scaturisce da posizioni ideologiche contro lo sviluppo infrastrutturale, ma dalla necessità di segnalare impatti concreti e documentati su didattica, ricerca e servizi pubblici che quotidianamente coinvolgono migliaia di studenti, ricercatori e personale. 

Le perizie tecniche in possesso dell'Università, si legge, indicano che la configurazione attuale del progetto aeroportuale renderebbe inagibili o fortemente compromessi ampi settori del Polo universitario, con conseguenze economiche e operative che non possono essere scaricate esclusivamente sull'Ateneo. Tali rilievi, sostengono i vertici universitari, richiedono valutazioni e interventi correttivi prima di procedere. 

Il rettore Alessandra Petrucci ribadisce la disponibilità dell'Università al confronto istituzionale per individuare soluzioni condivise, che prevedano un equo indennizzo e misure atte a garantire la continuità delle attività accademiche. Inoltre sottolinea inoltre che l'Università è un bene pubblico e che ogni decisione è orientata al rispetto della legge, delle istituzioni e dell'interesse collettivo. La decisione giudiziaria ha provocato le reazioni del presidente della Regione, Eugenio Giani, e del sindaco di Sesto Fiorentino, Sara Funaro, che si sono dichiarati contrari al ricorso: l'Ateneo rimane però fermo nella sua posizione tecnica e nel richiedere soluzioni che non compromettano le sue funzioni fondamentali.